<html>
  <head>
    <title>CGS Summary Chart</title>
    <script type="text/javascript" src="../protovis/protovis-r3.2.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="../js/omics/cgsUtil.js"></script>
    <script type="text/javascript" src="../js/util/dudleyStrainUtil.js"></script>
    <style type="text/css">

#fig {
  width: 430px;
  height: 275px;
}

    </style>
  </head>
  <body><div id="center"><div id="fig">
    <script type="text/javascript+protovis">

/* Sizing and scales. */
var w = 500,
    h = 550,
    x = pv.Scale.linear(0, 200).range(0, w),
    y = pv.Scale.ordinal(pv.range(n)).splitBanded(0, h, 4/5);

/* The root panel. */
var vis = new pv.Panel()
    .width(w)
    .height(h)
    .bottom(30)
    .left(40)
    .right(10)
    .top(50);

var summaryData = getCoverageData();

/* The bars. */
var bar = vis.add(pv.Panel)
    .data(summaryData)
    .top(function() y(this.index))
    .height(y.range().band)
  .add(pv.Bar)
    .data(function(d) d)
    .top(function() this.index * y.range().band / m)
    .height(y.range().band / m)
    .left(0)
    .width(x)
    .fillStyle(function() {return (this.index == 0) ? "blue" : "red";});

//pv.Colors.category20().by(pv.index)

/* The value label. */
bar.anchor("right").add(pv.Label)
    .textStyle("white")
    .text(function(d) d.toFixed(0));

    //d.toFixed(1) decimal

/* The variable label. */
bar.parent.anchor("left").add(pv.Label)
    .textAlign("right")
    .textMargin(2)
    .text(function() chrnames[this.parent.index]);

/* X-axis ticks. */
vis.add(pv.Rule)
    .data(x.ticks(5))
    .left(x)
    .strokeStyle(function(d) d ? "rgba(255,255,255,.3)" : "#000")
  .add(pv.Rule)
    .bottom(-8)
    .height(5)
    .strokeStyle("#000")
  .anchor("bottom").add(pv.Label)
    .text(x.tickFormat);

    vis.add(pv.Label)
    .left(-35)
    .top(-30)
    .textAlign("left")
    .text(getCGSName() + " Summary");

   /*vis.add(pv.Label)
    .left(-30)
    .top(-30)
    .textAlign("left")
    .text("Reference:Cassava 1.6");

   vis.add(pv.Label)
    .left(-30)
    .top(-15)
    .textAlign("left")
    .text("DeNovo:Velvet1.1/BWA");
   */
    vis.add(pv.Bar)
    .left(70)
    .top(-25)
    .textAlign("center")
    .height(10)
    .width(50)
    .fillStyle("blue")
    .anchor("left").add(pv.Label).textAlign("right").textStyle("black").text("coverage");

    vis.add(pv.Bar)
    .left(250)
    .top(-25)
    .textAlign("center")
    .height(10)
    .width(50)
    .fillStyle("red")
    .anchor("left").add(pv.Label).textAlign("right").textStyle("black").text("percent_bases_called");


vis.render();

    </script>
  </div></div></body>
</html>